En el año 1971; se abre un centro docente en la vereda San Rafael. Se inicia labores académicas en una casa llamada la primicia, donada por el señor Jesús Ossa y Julia Fernández, con una población de 15 estudiantes, se laboraba todo el día, inicio como docente la señora Silvia Vargas calderón (1972-1973)más adelante se traslada la planta física para un lote de propiedad del municipio, donde está actualmente, desempeñando sus labores como docentes la señoras Flor María Castro y Irma Osorio Guevara hasta 1984, a partir del mes de septiembre del mismo año llega la docente Lucelly Castañeda.
En el año de 1985 la escuela se acogió al programa de Escuela Nueva Activa, atendiendo los cinco niveles de la básica primaria.
En el año de 1999 se inicia la post primaria con una matrículade 26 estudiantes para el grado sexto.
En el año 2000 se abrió el grado séptimo y así sucesivamente hasta el grado noveno, es así como en el año 2002 sale la primera promoción de grado noveno con 8 estudiantes, desde entonces y hasta la fecha, el colegio ha contado con cinco docentes, dos para primaria y tres para post-primaria, igualmente la planta física se ha ampliado contando así con cinco aulas, nuevos baños y restaurante escolar.
En el año 2003, el día 9 de septiembre y bajo el Decreto 00500 de la Secretaria de Educación Departamental se crea la Institución Educativa Rural San Rafael, quedando como sede principal el Colegio Rural San Rafael con sus escuelas anexas Planadas, Santo Domingo Alto, La Divisa,y El Túnel.En el año 2007 por medio del Decreto 000293 se anexa la Escuela Nueva Activa La Primavera
En el año del 2010 mediante el Decreto 0363 del 10 de marzo expedido por la gobernación del Quindío la institución educativa San Rafael se fusionó con la institución Educativa Quebrada Negra conformada por las sedes rurales El Pénsil, Travesías, Guayaquil Alto, Vista Hermosa, El Calabazo, el Danubio, Teresa García y la sede rural Buenos Aires bajo quien pertenecía a la institución educativa Instituto Calarcá; quedando como sede principal la Escuela Nueva Activa La Primavera